超濾技術存在的主要問題是超濾膜污染。超濾膜在使用過程其性能隨著時間的增加，膜透過流速會迅速下降，同時對溶質的阻止率也會明顯上升，這是由膜的劣比的附生污垢所引起的。膜易出現污染與堵塞，膜的使用壽命相對較短，有必要對超濾膜的再生進行研究。解決辦法一方面是加強料液的前處理，另一方面是對超濾膜的清洗方法的研究。

超濾法的應用，應明確截留什么和除去什么，必須著重研究目標成分的截留率，密切注意各種類型膜的技術標準及其適用范圍，客觀評價其處理速率是否能達到生產所需，只有較好的解決量與速度，才能更加好地應用超濾技術。